El lugar escogido para reunir a toda la escuadra combinada fue el puerto de Mesina, en Sicilia. Llegan en primer lugar los venecianos, el 23 de julio, con 48 galeras y cinco galeazas. Poco después llegan las 12 galeras del Papa bajo el mando de Colonna.
Juan de Austria y Sancho de Leiva zarpan de Barcelona el 20 de julio, recalando en La Spezia (ciudad de Liguria, en el norte de Italia) para recoger tropas alemanas e italianas, y llegan a Nápoles el 9 de agosto, donde el 14 recibe Juan de Austria el estandarte y las insignias de la Liga Santa, diseñados por el Papa y en el que aparecen los símbolos de las tres naciones. Su singladura finaliza en Mesina el 23 de agosto. Pero no estaban todos. Faltaban las escuadras de Juan Andrea Doria, Álvaro de Bazán y Juan Cardona, así como sesenta galeras venecianas más. Para primeros de septiembre está reunida toda la escuadra, que finalmente queda compuesta por el siguiente contingente:

Agostino Barbarigo, segundo del almirante Veniero, murió en combate por un flechazo en la cabeza despues de ser herido por una flecha en el ojo (no cayó hasta pasadas pocas horas de ser herido, seguro ya de la victoria de la flota).

En total, las piezas artilleras de toda la escuadra eran de 1.250. Pese a la gran cantidad de navíos reunidos, a Juan de Austria le preocupaba el mal estado de muchos de ellos, debido a que muchas de las galeras italianas se habían construido rápidamente y otras tenían los espolones desgastados o podridos a causa de sus largas esperas en los puertos de amarre. Pese a ello se decidió que podrían aguantar.

Debido a la escasez de gente en las galeras venecianas, Juan de Austria decide embarcar en ellas a 4.000 infantes españoles, entre los que se encontraban los soldados alemanes e italianos, recogidos en La Spezia, para reforzar su guarnición. También embarca a 500 arcabuceros españoles en cada galeaza.
Para bien o para mal, parte de la flota zarpa de Mesina el 15 de septiembre de 1571, siendo éstas las naves de Cesar Ávalos, que tienen orden de esperar al resto de la flota en el Golfo de Tarento, ya que aún se desconoce dónde se encuentra su enemigo, que no es otro que Alí Pashá. Deciden navegar a cabotaje, ya que la galera es una embarcación poco resistente y menos ideal para la navegación de altura. El 16 de septiembre, zarpa el resto de la flota cristiana: en vanguardia van ocho galeras exploradoras, al mando de Juan de Cardona, general de la escuadra de Sicilia. Sus órdenes son ir 8 millas por delante del grueso de la escuadra.

El resto de la fuerza va dividido en cuatro cuerpos:

• El primero, que será el “derecho” en combate, está bajo el mando de Juan Andrea Doria, con 54 galeras. Su enseña eran grímpolas verdes.
• El segundo, que será el “centro” en combate, va comandado por Juan de Austria, con 64 galeras y grímpolas azules.
• El tercero e “izquierdo” en combate, es dirigido por Agustino Barbarigo. Un total de 53 galeras con grímpolas amarillas.
• Y el cuarto, que es la escuadra de socorro o de reserva en combate, lo manda Álvaro de Bazán. Está formado por 30 galeras con grímpolas blancas.

Cada uno de estos cuerpos lleva dos galeazas, que en caso de combate se pondrán por delante de la formación principal. Los cuerpos están formados sin tener en cuenta la procedencia de las buques, intercalando buques venecianos, españoles y pontificios. El mal tiempo, les impide pasar dejar atrás Otranto hasta el 24 de septiembre.

Detalle de un óleo del Museo del Escorial, en que se aprecia la reunión de la Liga Santa en puerto de Mesina.

Gil de Andrade, que iba en vanguardia tratando de localizar la ubicación del enemigo, consigue averiguar que los turcos se encuentran en el Golfo de Lepanto, en Grecia. Lepanto, es una pequeña ciudad griega situada justo en la entrada del golfo de Corinto, a pocos quilómetros de Patras. Una vez al corriente Juan de Austria, éste decide dirigirse a Corfú, desde donde siguen hacia el sur, hasta alcanzar Cefalonia. En este lugar, se infiltra en plena noche, un turco que se dedica a contar el contingente total de naves, a fin de informar a Alí Pashá.

Mientras tanto, se plantea un problema de competencias entre Don Juan y los venecianos. Éste se origina en una galera veneciana, donde por defender cada uno a su gente, se enfrentan con las armas el capitán de la galera y el capitán de los soldados embarcados, resultando herido el veneciano. Como consecuencia, el almirante veneciano Veniero ahorca al capitán de los soldados, lo que a su vez, provoca que Don Juan convoque un consejo de guerra, del que se excluye a Veniero, solicitándose la presencia de Barbarigo en su lugar. El tema que se trata es, sencillamente, abandonar la empresa y dejar solos a los venecianos, que son poco de fiar según se podía desprender del incidente que acabamos de relatar. Son partidarios de esta opción todos los comandantes al servicio de España, si bien uno de ellos se opone rotundamente: Álvaro de Bazán. Éste considera que sería una estupidez tirar por la borda todo el esfuerzo realizado hasta ese momento, por culpa de que Veniero haya cometido un disparate.

Parece ser que la postura de Don Álvaro cala entre su colegas y se decide continuar con la empresa. Al despuntar el alba, se zarpa formando una fila de combate a 15 millas de la entrada a Lepanto con la intención de hacer salir a su enemigo, provocándole.