Cuando los japoneses se encontraban a punto de alcanzar el punto de ataque, Nagumo ordenó el envío de una serie de aviones de exploración despegando desde los portaaviones y los cruceros de apoyo. De este modo despegaron seis aviones desde el Akagi, Tone y Mikuma, respectivamente, con la misión de recorrer un amplio semicírculo hacia el noroeste.

El avión de exploración del Akagi tenía por misión volar hacia el sur, en un radio de 300 por 60 millas y regresar, mientras que los del Mikuma y el Tone tenían la misma misión pero hacia babor del rumbo de regreso del Akagi. Pero los aparatos del Tone no pudieron salir a la hora convenida sufriendo un retraso, mientras que el del Mikuma regresó por avería de la radio a la mitad de su trayecto. Este impedimento fue fatal para Nagumo, pues la trayectoria del avión de exploración del Mikuma interceptaba a la fuerza operativa americana.

El Almirante Chuichi Nagumo, lanzó su ataque inicial a las 04:30h del 4 de junio. Desde el puente del Akagi, el almirante arengó personalmente a sus aviadores: " El enemigo tiene decaído su ánimo combativo, pero probablemente atacará durante la invasión". Los aviadores levantaron los brazos en todas partes del portaaviones gritando alternadamente: "Banzai, Banzai, Banzai".

Depósitos de la Isla Sand en llamas tras el ataque japonés a Midway en la mañana del 4 de junio de 1.942. Como curiosidad, mencionar al polluelo de albatros que aparece en primer término, impertérrito.

Éste ataque constaba de una primera oleada de 108 aviones, siete aviones de búsqueda y una patrulla de combate, encargada de velar por la seguridad de la flota japonesa. Al mando de la formación aérea del Hiryu y Soryu, iba el teniente Joichi Tomonaga, mientras que la formación del Akagi y del Kaga estaba al mando de Sheichi Ogawa. La preparación que dispusieron en lo referente al reconocimiento del campo de batalla, fue bastante endeble, con pocos aviones para cubrir las áreas asignadas, que para colmo se las tenían que ver con unas pésimas condiciones meteorológicas en el noroeste y el este de la fuerza de combate.

Y como el destino es caprichoso, quiso que por esas eventualidades del azar no fueran los japoneses los primeros en avistar al enemigo, sino un solitario PBY Catalina norteamericano pilotado por Jewell Reid que completaba su radio de búsqueda a eso de las 06:00h del 3 de junio, comunicando el avistamiento de 11 buques sospechosos a 700 millas al noreste de Midway. Reid creyó que esta era la fuerza de ataque principal y radió el mensaje a la base; pero lo que realmente había avistado era la fuerza de desembarco.
A las 06:20h, los aviones japoneses bombardearon y dañaron muy seriamente la base norteamericana de Midway. Los pilotos de esta base, al mando de Grumman F4F Wildcat y obsoletos Brewster F2A, hicieron lo que pudieron por la defensa de la isla, sufriendo severas pérdidas. Mejor les fue a las defensas antiaéreas, que dañaron a bastantes aviones enemigos. El líder de la escuadra aérea japonesa, confirmando que la fuerza aérea americana había sido aniquilada, sugirió a Nagumo que lanzara otra oleada para neutralizar las defensas terrestres, antes de que las tropas japonesas desembarcaran el día 7.

Habiendo obviado el ataque japonés, los bombarderos americanos basados en Midway, se dedicaron a atacar la flota de portaviones japonesa. Componían esta escuadra seis TBF Avanger, en su primera operación de combate, y cuatro B-26 Marauder, equipados con torpedos. Lo cierto es que su intervención fue poco más que testimonial y los japoneses eliminaron a toda la escuadra de aviones norteamericanos excepto a tres.

Basándose en los preceptos tácticos japoneses sobre la navegación en combate de los portaviones, el Almirante Nagumo había mantenido a la mitad de su flota de aviones en reserva, que constaba de dos escuadrones de bombarderos y torpederos. Estos últimos, fueron armados con torpedos antibuque a fin de despegar en cuanto se localizara cualquier buque americano. Pero la recomendación del líder de la escuadra que atacó Midway de lanzar una segunda oleada, que se tomó como buena, obligó a rearmar a los aviones ya armados, puesto que se debían equipar con bombas de uso convencional, para ataque a objetivos en tierra. Este rearme les llevó a los japoneses un total de media hora, y estaban en este proceso cuando a las 07:40h uno de los aviones de reconocimiento detectó la presencia de una considerable fuerza naval norteamericana hacia el este. Nagumo revocó su orden de rearme de los aviones y ordenó al avión de reconocimiento, informar de la posición exacta de esa fuerza hostil americana.

Nagumo se encontraba ahora en una tesitura. El Contralmirante Tamon Yamaguchi, líder de la División de Portaviones 2 (compuesta por el Hiryu y el Soryu), recomendó a Nagumo atacar de forma inmediata con las fuerzas disponibles. Nagumo podría haber tenido la oportunidad de lanzar inmediatamente parte de sus fuerzas de reserva contra los buques americanos, pero debía reaccionar de forma inmediata, ya que la escuadra aérea que atacó Midway estaba de regreso y aterrizaría en breve, bajos de combustible y con hombres heridos, por lo que era obvia la necesidad que tenían de aterrizar cuanto antes. Poner a punto las cubiertas de vuelo y lanzar los aviones requería de, al menos, 30 a 45 minutos. Y lanzarlos tal cual estaban, obligaba a algunos de los aviones a despegar hacia la batalla sin el armamento antibuque apropiado. Se impuso pues la férrea disciplina japonesa, que prefería los ataques totalmente preparados, máxime en ausencia de una confirmación sobre dónde se encontraba la fuerza naval norteamericana exactamente: Nagumo decidió ser prudente y tomar la, a la postre, fatal decisión de esperar el regreso de la primera oleada de aviones para lanzar entonces la fuerza de reserva, que ya estaría armada de forma correcta.

Mapa de la acción y situación prevista de las flotas japonesa y norteamericana en la Batalla de Midway (click para ampliar).

Hacia las 08:25h, el balance es claramente favorable a los japoneses: ningún barco tocado, ningún avión de escolta derribado y los artilleros japoneses beben sake en sus puestos, gritando consignas victoriosas a su Emperador. El plan prosigue y Nagumo rebosa de alegría y confianza en el puente de su portaaviones insignia.
Mientras tanto, la fuerza norteamericana permanecía en el Point Luck, a 300 millas de Midway y Nimitz presionaba a los exploradores para determinar la ubicación de la fuerza de portaaviones enemiga, que aun no había sido localizada. Fue hacia las 5:30, cuando un PBY radió que había localizado a un portaaviones enemigo en demora 320° a 150 millas de Midway.

Los reveses del destino.
El Almirante Fletcher, a bordo del Yorktown, disponía ya de toda la información que necesitaba sobre los avistamientos de sus PBY Catalina. En base a ellos, ordenó a Spruance lanzar el ataque contra los japoneses tan pronto como fuera posible. Desgraciadamente para los norteamericanos, su pericia y preparación en las cubiertas de los portaviones, no era la mejor, con lo que poco a poco fueron lanzados los aviones desde sus buques, formándose diferentes grupos de ataque que no estaban compactados, lo que disminuía la efectividad de sus ataques y aumentaba sus bajas.

Los primeros ataques de los aviones embarcados norteamericanos contra la flota japonesa, se iniciaron a las 09:20h, atacando en primer lugar el Torpedo Squadron 8 (VT-8), seguido del número VT-6, sin ningún tipo de apoyo de caza. El resultado es que los aviones del VT-8 fueron totalmente aniquilados mientras que los del VT-6 estuvieron a punto de serlo y para colmo sin lograr ningún impacto. Sin embargo, a pesar de su vano sacrificio, los torpederos americanos obtuvieron dos importantes resultados: primero, mantener a los japoneses a la espera, sin que pudieran iniciar su contraataque. Segundo, sus ataques desubicaron a las patrullas de combate japonesas y las desplazaron de su posición, no en términos de altitud, sino de forma lateral, con lo que la cobertura sobre la flota japonesa no era la óptima. Además, la rápida aparición de una tercera escuadra de aviones torpederos norteamericanos, la VT-3, a eso de las 10:00h, desplazó a la patrulla aérea hacia el cuadrante sureste de la flota.

Por puro azar, al mismo tiempo que el escuadrón VT-3 era avistado por los japoneses, dos formaciones separadas (comprendiendo un total de tres escuadrones) de SBD Dauntless norteamericanos, se aproximaban a la flota japonesa desde el noroeste y hacia el suroeste. Estas formaciones, a pesar de haber tenido una enorme dificultad en localizar a los portaviones japoneses, habían llegado (en parte debido a un verdadero golpe de suerte y en parte por las buenas decisiones de los respectivos jefes de escuadrón) en una posición perfecta para atacar a sus objetivos. Los aviones de ataque japoneses llenaban las cubiertas de hangares en aquel preciso momento, las mangueras de repostaje se encontraban por doquier y debido a las órdenes y contraordenes al respecto del armamento de los aviones, las bombas y torpedos se encontraban en aquellas cubiertas, fuera del pañol de municiones. Así que ese momento, era de una extraordinaria vulnerabilidad para los portaviones.

Sin embargo, y a pesar de lo que hasta ahora se sabía de la batalla, recientes hallazgos han demostrado que los japoneses no estaban preparados para lanzar un contraataque contra los americanos en el justo momento en que fueron atacados. Debido a la constante actividad en las cubiertas de vuelo, relacionada con las operaciones de las patrullas de combate durante la hora precedente, los japoneses nunca tuvieron la oportunidad de preparar su fuerza de ataque para el despegue. Los aviones que se encontraban en las cubiertas en el momento del ataque, pertenecían a las patrullas de combate o bien, caso del Soryu, de aviones que se estaban preparando para engrosar las filas de las patrullas.

A las 10:22h, los aviones del Enterprise atacaban al portaviones Kaga, siendo atacado cuatro minutos después el Akagi. En el norte, los aviones del Yorktown atacaron el Soryu. Simultáneamente, la escuadra VT-3 hacía lo propio con el Hiryu, si bien los torpederos americanos no alcanzaron el blanco. No fue ese el caso de los bombarderos, que tuvieron más fortuna. En tan solo seis minutos, los Dauntless completaron su misión dejando seriamente dañados sus objetivos. El Akagi fue alcanzado de lleno por una bomba, que fue suficiente: penetró en la cubierta del hangar superior y explotó entre los aviones, armados y hasta arriba de combustible que allí se encontraban. Otra bomba más, explotó rozando el buque, bajo el agua, curvando la cubierta de vuelo hacia arriba, provocando un geiser de agua y serios daños en el timón. El Soryu recibió tres impactos de bomba en los hangares y el Kaga recibió, al menos cuatro o más. Con esto, los tres portaviones se encontraron en un momento fuera de combate.

Posteriormente a este ataque, el submarino norteamericano Nautilus, (SS-168), disparó varios torpedos a lo que su tripulación pensó que era el Soryu, pero que posteriores investigaciones han demostrado que era el Kaga. La tripulación del submarino reclamó que un torpedo impactó en el portaviones, provocándole una “tremenda explosión”. Sin embargo, la tripulación superviviente del Kaga informó de que ningún torpedo les alcanzó tras el ataque aéreo. De los cuatro torpedos disparados, uno no llegó a activarse, dos siguieron rumbos erráticos y el cuarto fue un impacto inútil en un buque de apoyo japonés, aunque lo partiera en dos.