Antes de acometer la carga de un barco, era requisito imprescindible someterse a la "Visita de naos", llevadas a cabo por los oficiales de la Casa de la Contratación, como medio de comprobación del buen estado del mismo, su estanqueidad, establecimiento de su arqueo, a veces en compañía de un arrumador o especialista en estiba. Mediante la declaración del tonelaje y número de pasajeros autorizados, se otorgaba la licencia para efectuar la carga.
Una segunda visita se realizaba en Sevilla antes de partir para comprobación de tripulación, carga, artillería, municiones y bastimentos, el registro correcto de las mercancías y su cantidad:
"Que tales navíos vayan bien marineados de piloto y marineros y grumetes pajes y de lo que fuere necesario al porte de tal navío; y lleven los aparejos convenientes, assi de velas y clavos, como de ancoras y betún y estanco para el agua y proveydo de las armas y artillería, munición y gente de guerra necessaria....”

Las bodegas debían dar cabida a diversos materiales, provisiones y mercancías. Careciendo de ellas, era imprescindible recurrir a un lastre adecuado para asegurar una correcta navegabilidad, bien con arenas, guijarros o cualquier otro sustituto. Como norma general, la legislación trató de que la carga de un barco, bien se tratara de mantenimientos, bien de mercaderías, se realizara bajo cubierta, con la doble intención de controlar el volumen máximo de carga permitido y de no "embarazar" la gobernabilidad y defensa de la embarcación: "para que en todo tiempo los dichos marineros puedan laborar libremente". Era especialmente importante que la banda donde se ubicaba la barca, y por supuesto su interior, estuviera libre de cualquier tipo de cargamento, al igual que el castillo de popa o la zona donde se realizaba la maniobra de fondeo y de localización de anclas y sus cables:
"Y la nave que tiene puentes puede llevar debajo dellos, y del alcaçar, todo lo que pudieren, quedando libre la barca para sacarse y la pieça de artillería para jugarse. Y sobre la tolda de arriba, que es la segunda cubierta, no se ha de llevar nada... Y donde va y govierna a la artillería no se ha de llevar nada, salvo las caxas de los marineros y lombardas... Y no se puede cargar sobre las mesas de guarnición votas de bino ni de agua ni otra cosa pesada, sino lana y paja, o otra cosa liviana o tinajuelas pequeñas de agua... Ni en los castillos de avante se puede cargar cosa alguna de mercaderías de peso y las auitas han de estar libres para tomar las amarras... Y no se pueden cargar mercaderías en Capitana ni Almiranta, aunque sea con registro".

Monumento a los Descubrimientos en Belém, Lisboa. Construído para conmemorar los 500 años de la muerte de Don Enrique el Navegante, es toda una celebración a todos aquellos que participaron en el desarrollo de la Época de los Descubrimientos.

La carga de material pesado, se realizaba con la ayuda de un cabestrante o torno, situado debajo de la tolda, utilizado por lo general para las operaciones de fondeo. Como medio para evitar el fraude en el pago de impuestos y control de cargas, estaba prohibido el cargamento durante la noche, en medio del mar, bajo pena de confiscación, con la excepción de la descarga sin licencia en casos de ataque enemigo, con el fin de salvar la carga.

La persona responsable tanto del buen aparejo del navío, como de las mercaderías que se iban cargando y estibando era el maestre, quien llevaba cuenta de todo, además de revisar el estado de las velas, jarcias, timón, instrumentos náuticos y estado general del barco: calafateado, bombas de achique, amarres, batel y juegos de remos de éste, provisión de aceite, velas, eslabón, yesca, algodón y pedernal (todo ello para poder mantener siempre encendido el candil que debía iluminar la bitácora), y todo el material de respeto o repuesto.

El maestre era asimismo responsable de comprobar el estado de las provisiones de alimentos, entre los que se incluían animales vivos (gallinas, terneras, cerdos…, para alimento, o caballos y perros para el ejército y uso personal en Indias), la importante partida de agua, vino, leña, así como conservar toda la documentación referente a las mercancías que se transportaban, fletamientos y despachos, para evitar cualquier problema aduanero al llegar a puerto. La responsabilidad final del maestre con respecto a todo lo que se cargaba en el barco, queda reflejada en la normativa legal, estando obligado a afrontar las pérdidas imputables a su actuación, pudiendo citar una curiosa responsabilidad:
"Es a cargo del maestre de la nave el daño causado por los ratones en ella y sus cosas, por ser por su culpa si no es que en ella lleva gatos suficientes para los matar o usa de otra industria conveniente para ello..."

Normalmente las bodegas de los barcos, donde se estibaba la carga, estaban provistas de una protección, formada por un forro de madera que, a modo de doble fondo, evitaba que la carga estuviera en contacto con el agua que usualmente entra por las juntas del casco. Este forro estaba compuesto de tablones colocados en sentido de la manga, apoyados sobre unos maderos o sobre perfiles y no se calafateaban ni se fijaban a los apoyos. La estiba de la carga era, y sigue siendo, un factor importantísimo para la seguridad del buque, de manera que si no se ocupaba la totalidad de la zona de la bodega, o quedaban espacios vacíos, existía el peligro de producirse un movimiento de carga. Para evitarlo, era imprescindible rellenar las bodegas hasta los costados o valerse de lastre.