Segundo viaje
El rey Manuel de Portugal, patrocinador de Gama, quedó tan contento que, en 1500, decidió continuar con los descubrimientos y costeó una segunda expedición comandada esta vez por Pedro Álvarez Cabral, con el objetivo de afianzar el establecimiento comercial en Calicut. Navegando hacia el sur, costeando el litoral africano, Alvarez Cabral se desvió tanto hacia el occidente que descubrió Brasil y tomó posesión de esos territorios en nombre de Portugal. De esta forma el rey Manuel, además de tener abierta la ruta hacia Asia, obtenía una porción del Nuevo Mundo. Cabral dobló el extremo de África y continuó hacia Kozhikode, donde recogió los frutos del trabajo de Gama en cuanto a privilegios comerciales, negociando un completo tratado con el zamorin. Dejó además en la India un pequeño grupo de portugueses con el objeto de que recolectaran información para el rey Manuel.

Aunque la misión de Cabral en la India fue exitosa, los hombres que dejó fueron asesinados. Cuando llegaron a Portugal las noticias de la masacre, el rey Manuel se enfadó pues pensaba que los funcionarios indios debían haber protegido a sus representantes. Manuel necesitaba mostrar a los indios que estaban obligados a respetar a los portugueses, así que envió a Gama de nuevo a la India, saliendo el 12 de febrero de 1502. En esta oportunidad, Vasco da Gama, como gran Almirante, iba armado hasta los dientes, y no estaba dispuesto a solicitar el favor del zamorín, como lo había hecho en 1498.

Detalle del monumento dedicado a Vasco da Gama en Belem.

Las acciones llevadas a cabo durante el viaje a la India son un buen ejemplo de las intenciones de esta expedición. Gracias a la superioridad armamentística Vasco da Gama funda varias colonias, Quiloa (Kilwa, en Mozambique), y Sofala (que en la actualidad está integrada en Mozambique), en el este de África. El carácter de Gama se vuelve despiadado y el rencor hacia los musulmanes queda patente al interceptar un velero árabe (dhow), que llevaba de vuelta a casa musulmanes que venían de una peregrinación a la Meca. El comandante se enfrentó a los árabes y les exigió la entrega de todos los tesoros que iban a bordo. Como éstos no se movieron lo suficientemente rápido, ordenó a sus hombres tomar el dhow al abordaje. Los portugueses se apoderaron de todo el dinero y los bienes de los árabes, y luego emplearon pólvora para incendiar el dhow con toda la gente a bordo. Uno de los hombres de la tripulación de Gama contó “380 hombres y muchas mujeres y niños”.

Al llegar a Kozhikode, Gama no se molestó con regalos para el zamorín ni presentó súplica alguna. Por el contrario, exigió la rendición del zamorin y que los musulmanes, a quienes culpaba de la muerte de los portugueses que Cabral había dejado, fueran expulsados a puntapiés de la ciudad. El zamorín trató de ganar tiempo y de negociar la paz.

La respuesta del comandante de los portugueses a las proposiciones de paz fue un bote repleto de restos humanos: manos, pies y cabezas de pescadores y mercaderes indios. Los europeos escogían al azar a sus víctimas de los pequeños botes que pasaban por el puerto, ponían nudos corredizos alrededor del cuello de los hombres y los colgaban, sólo como espectáculo, antes de descuartizarlos. Gama envió al zamorín la espeluznante carga con un mensaje en árabe, en el que sugería al gobernador que se preparase una cena con tales bocados.

Logró eliminar a los rivales árabes del Índico, instaurando la hegemonía marítima portuguesa en la zona, construyendo en Cochín la primera factoría portuguesa en Asia. En septiembre de 1503 regresó a Portugal con una valiosa carga de especias.
La horripilante táctica funcionó y Gama obtuvo su carga de tesoros para llevar de regreso a Lisboa, y dejó en el puerto de Calicut una fuerza naval permanente de cinco barcos. Como premio a la consolidación de del dominio lusitano en los nuevos territorios, esta segunda expedición le supondría el título de conde de Vidigueira. Sin embargo la severidad con la que trató Vasco da Gama a los nativos no gustó en Portugal por lo que el navegante cayó en desgracia hasta su tercer viaje.

Tercer Viaje
Tras permanecer alejado de la navegación durante casi veinte años. Fue nombrado virrey de la India en 1524, y viajó a la India con la misión de acabar con la creciente corrupción de las autoridades portuguesas de la colonia sustituyendo a Eduardo de Menezes. Gama desembarcó en la India en el otoño de 1524 pero poco después de llegar a Goa, contrajo malaria. Falleciendo en Cochín el 24 de diciembre, apenas tres meses después de su llegada.

Su cuerpo fue enterrado en la iglesia del St. Francis, fortaleza Kochi, en 1539 sus restos fueron repatriados a Portugal. Los restos mortales de Vasco da Gama estuvieron enterrados en Vidigueira varios siglos, hasta su traslado al Monasterio que fue construido en honor a su viaje a la India, el Monasterio de los Jerónimos de Belém, en Lisboa.

El legado del almirante
Vasco da Gama y su esposa, Catarina de Ataíde, tuvieron seis hijos y una hija: Francisco Da Gama (Conde de Vidigueira); Estevão Da Gama; Paulo Da Gama; Cristovão Da Gama; Pedro da Silva Da Gama; Álvaro de Athaíde e Isabel de Athaíde Da Gama.
Vasco da Gama fue uno de los responsable del éxito de Portugal como potencia. La epopeya nacional portuguesa, Os Lusíadas de Luís Vaz de Camões se refiere en gran parte a los viajes de Da Gama.

Llevan el nombre de Vasco Da Gama:
• La ciudad portuaria de Goa.
• Un gran cráter lunar.
• Tres equipos de fútbol de Brasil y el equipo de Goa
• Una iglesia en Kochi.
• Un puente y una torre en Lisboa.

Da Gama ocupa el puesto 86 en la lista Los 100, de las figuras más influyentes de la historia, según Michael H. Hart.
En 1994 fue representado en los billetes portugueses de 5000 escudos. En 1998, los proyectos preparados para celebrar el V Centenario de la llegada de Da Gama a la India por parte del gobierno de Portugal tuvieron que ser abandonados debido a la cólera pública hacia el acontecimiento.