El 24 de agosto de 1.520, la flota alcanza Cabo Vírgenes y concluyen que han alcanzado el pasaje que estaban buscando, ya que las aguas en el lugar eran muy saladas y profundas hacia el interior. Cuatro de las naos inician el arduo camino de 373 millas que Magallanes bautizó como Canal de Todos los Santos, ya que la flota lo empezó a surcar el día 1 de noviembre, el de Todos los Santos. Actualmente se conoce a este lugar como Estrecho de Magallanes. En un principio, Magallanes ordena al Concepción y al San Antonio explorar el estrecho, pero con posterioridad, el comandante de esta última nao, deserta y regresa a España, concretamente el 20 de noviembre. De ese modo, los tres únicos buques que quedan, entran en el Pacífico el 28 de noviembre. Magallanes decidió bautizar así aquellas aguas debido a que le parecieron muy tranquilas.

Una vez que están todos en el nuevo océano, ponen rumbo noroeste y alcanzan el Ecuador el 13 de febrero de 1.521. Su ritmo de navegación es muy bueno y el 6 de marzo ya han llegado a las Islas Marianas y Guam. Esta última fue bautizada por Magallanes como Isla de Las Velas, debido a que había en el lugar multitud de pequeños botes de vela. Pero pronto la rebautizaron como Isla de los Ladrones, debido a que las barcazas de apoyo de la Trinidad, fueron robadas allí.

El 16 de marzo, llegan a la isla de Homonhon, en Filipinas con 150 tripulantes menos, fallecidos por diversos motivos durante la travesía. Allí, se pudieron comunicar con los indígenas gracias a la ayuda del intérprete de Magallanes, Enrique el Negro, un malayo que había sido esclavizado por piratas de Sumatra y rescatado por Magallanes en una de sus primeros viajes a las Molucas y bautizado en aquellas islas en 1.511. Gracias a él, intercambiaron con el Rajá Kolambu de Limasawa y con otro soberano, Datu Zula, multitud de regalos y este, les acompañó hasta Cebú, donde les fue presentado el Rajá Humabon de Cebú, que se mostró muy complaciente. Era el 7 de abril de 1.521.

Réplica de la nao Victoria, el único de los cinco buques que llegaron a España tras la circunnavegación del Globo.

Ambos se mostraron impresionados por el armamento de los expedicionarios, y le propuso a Magallanes que viajaran a la vecina isla de Mactán y asesinaran a Lapu-Lapu, jefe tribal de los Visayan. La razón es que sencillamente estaban enemistados por el control de aquellas tierras. Magallanes vio en aquel momento la oportunidad de realizar un intercambio, por así decirlo. Como contraprestación por su ayuda, deseaba la cristianización del lugar y la fidelidad de los nativos a la corona de España, y estaba totalmente seguro de conseguirla en cuanto vieran el poder de sus armas de fuego.

Según la narración de los hechos de Antonio Pigafetta, Magallanes decidió enviar a 48 hombres armados, menos de la mitad de su tripulación, con espadas, hachas, escudos, pistolas y mosquetes. Pero cometió un fallo que a la postre demostró ser fatal: no tuvo en cuenta que a lo largo de la playa de Mactán, donde pretendía realizar el desembarco, existía una barrera de coral que no permitía acercarse a las naos a una distancia lo suficientemente efectiva para sus cañones. De este modo, se vio obligado a anclar lejos de la costa y acercarse en pequeños botes.

A medida que se acercaban a la playa, se preveía el drama. No menos de 1.500 nativos les estaban esperando, disparándoles con flechas y todo tipo de armas arrojadizas. Los españoles empezaron a disparar sus mosquetes, pero eran insuficientes para contener aquella avalancha. Sin embargo continuaron adelante y desembarcaron en la playa, donde los nativos se centraron en atacarles en las piernas, totalmente desprotegidas (el resto del cuerpo iba acorazado). Y ante aquello, viéndose perdidos, la tripulación abandona, presa del pánico, el lugar.

Lo que a continuación sucede, lo tomamos del diario de Pigafetta: “Reconociendo al capitán, muchos de aquellos salvajes se dirigieron hacia él, y el golpeó a dos de ellos con su casco, manteniéndose siempre firme, como un buen caballero, junto a otros hombres. Pelearon durante más de una hora, renunciando a retirarse. Uno de los salvajes le arrojó una lanza de bambú a la cara, pero este inmediatamente lo mató con su propia lanza, que dejó clavada en el cuerpo del salvaje. Entonces, intentó desenvainar su espada, pero a medio camino del desenvaine, fue herido en un brazo por una lanza de bambú. En cuanto se percataron de ello, todos los salvajes le lanzaron sus lanzas. Una de ellas le hirió en una pierna, provocándole un profundo corte, con la forma de una cimitarra, solo que más largo. Esto provocó que el capitán cayera sobre la arena, momento en el que una marea de salvajes se tiró sobre él, atacándole con lanzas de metal y bambú y con sus espadas (llamadas kampilan), hasta que mataron a nuestro espejo, nuestra luz, nuestra seguridad, nuestro verdadero guía. Una vez que acabaron con su vida, se giraron buscándonos, viendo como nos alejábamos en nuestros botes”.

Los historiadores debaten actualmente, sobre la veracidad de esta narración de los hechos, en la que el tono y la exageración son cuestionables. De todos modos, los que instigaron este enfrentamiento, el Rajá Humabon y Datu Zula, no tomaron parte en la batalla, observándola desde la distancia.

Desaparecido Magallanes, tomaron el mando de la flotilla Duarte Barbosa, su cuñado, y el piloto Juan Serrao, ambos portugueses, quienes, a los pocos días, fueron asesinados a traición por el Rajá Humabon de Cebú, que los había invitado a un banquete. Los reemplazaron Juan Carvalho, también portugués, en la Victoria, y Gonzalo Gómez de Espinosa en la Trinidad, pues la Concepción, ya inservible, hubo de ser abandonada en la isla de Bohol, pasando Elcano entonces a la Victoria con el cargo que ocupaba en la Concepción. Reducida a dos naves y 150 tripulantes, la expedición se dedicó posteriormente a reconocer diversas islas del archipiélago filipino, hasta que, conducida por pilotos indígenas, llegó al cabo a las soñadas Islas de las Especias. Era el 8 de noviembre de 1.521 y se encontraban en la isla de Tidore.

Estatua de Lapu Lapu en la isla de Mactán. En último término aparece el monumento erigido en el punto exacto donde éste derrotó a Magallanes y lo asesinó en 1.521.

El viaje de regreso a España.
En cuanto pusieron el pie en la isla de Tidore, entraron en contacto con el sultán del lugar, enemigo y rival del sultán de la isla de Ternate, que era aliado de los portugueses. A resultas de esta enemistad, el sultán de Tidore les permitió fundar una colonia comercial, facilitándoles de este modo cargar sus buques de clavo, nuez moscada y otros preciados productos. Sabiendo de la presencia de los portugueses en la zona, los expedicionarios decidieron regresar a España del siguiente modo: las dos naos restantes, cargadas con especias, regresarían navegando hacia el oeste. Sin embargo, en cuanto dejaron las Malucas, la tripulación de la Trinidad se dio cuenta de la existencia de una vía de agua que no pudo encontrar, concluyendo que de ese modo obviamente irían a pique y que para reparar la vía y poner a punto la nao tardarían demasiado tiempo. La pequeña Victoria no era lo suficientemente grande para acomodar a toda la tripulación superviviente de la Trinidad. De ese modo, la Victoria, con no todos los miembros de la tripulación, zarpa hacia el oeste, a España. Semanas después, la Trinidad, al mando de Gómez de Espinosa, zarpa de las Molucas tratando de llegar a España por el Pacífico. Pero el intento fue un fracaso, ya que fueron capturados por los portugueses y se fue a pique en una violenta tempestad mientras se hallaba anclado en un puerto controlado por los portugueses.

Por su parte, la Victoria, partió de las Molucas el 21 de diciembre de 1.521 con una tripulación que se componía de 47 europeos y 13 indígenas, pudo al cabo la Victoria salir de las turbulentas aguas de las islas, merced a la destreza de dos pilotos indigenas. Entretanto, Elcano se había hecho con la capitanía de la expedición, sustituyendo a Carvalho en el puerto de Caldera de Mindanao. Rumbo a la isla de Timor, hicieron aguada en diversas islas, al tiempo que se aprovisionaban de pimienta, madera y otras mercancías. Llegaron a la isla de Timor, célebre por la abundancia de sándalo blanco, el 26 de enero de 1.522, poniéndose inmediatamente Elcano en tratos con los indígenas para tratar de la adquisición de víveres. Las exigencias de éstos, le obligaría luego a echar mano de métodos más expeditivos, haciendo prisionero a uno de sus jefes y exigiendo víveres a cambio de su libertad.

La nao Victoria estuvo anclada en el puerto de Batutaria, un lugar del litoral de la isla de Timor, cerca de mes y medio, abandonando aquellos parajes el 11 de febrero de 1.522. El 6 de mayo del mismo año doblaban el cabo de Buena Esperanza y, a la postre, tras de muchas peripecias, llegaron con su maltrecha nao al puerto de Sanlúcar de Barrameda el 6 de septiembre de 1.522. De los 239 hombres que salieron de Sevilla en cinco naves, regresaron diecisiete en una de ellas. Pero esta gloriosa navegación, de la máxima importancia científica en la panorámica del descubrimiento del mundo, situó en el plano de la realidad el sueño colombino de enlazar Europa con el Asia Oriental por la ruta de Occidente, comprobando de forma empírica la teoría de la esfericidad de la tierra (a su llegada, Elcano y los marineros verían con asombro que habían perdido un día en la cuenta que llevaban de los invertidos en tan largo periplo).

Reconocimientos y consecuencias.
Sin embargo, el balance de la circunnavegación de Magallanes y de Elcano fue casi nulo desde el punto de vista económico y político, quedando más bien demostrado con ella que el camino hacia las ricas tierras de la seda, el marfil y las especias no era el occidental, por cuanto era imposible establecer por él la adecuada contrapartida a la navegación indo-portuguesa del cabo de Buena Esperanza. A los dos días, Elcano y los tripulantes de la Victoria marcharon a Sevilla, donde fueron a postrarse ante Ntra. Sra. de la Antigua para dar gracias por su feliz arribo. Juan Sebastián de Elcano fue luego recibido por el emperador Carlos V, quien, entre otras cosas que otorgó a la tripulación de la nao superviviente, concedió al vasco una pensión de 500 ducados y el escudo de armas con la leyenda: "Primus circumdedisti me" (Fuiste el primero en circunnavegarme). Elcano fallecería el 4 de agosto de 1.526, durante la travesía del Pacífico, en un segundo viaje que le fue encomendado hacer a las Molucas.

El viaje de Magallanes y Elcano a las Molucas, dio origen a que España y Portugal entrasen en disputa por la posesión de estas islas, situación que fue hábilmente aprovechada por el monarca portugués Juan III, ya que el Emperador Carlos V se hallaba comprometido, por ese tiempo, en guerras con Francisco I de Francia, con los turcos, que, penetrando por la cuenca del Danubio, amenazaban Hungría y Europa Central, con los berberiscos en el Mediterráneo y con los príncipes alemanes partidarios de la Reforma luterana.
Consciente de la inoportunidad estratégica de abrir un nuevo frente contra Portugal e influenciado por su esposa Isabel de Portugal, hermana mayor del monarca lusitano, Carlos V se avino a un acuerdo pacífico y firmó con Juan III el Tratado de Zaragoza (22 de abril de 1529), por el que el Emperador renunciaba, en favor de Portugal, a los derechos que pudiera tener España en las Molucas, a cambio de 350.000 ducados de oro, si bien podía recuperar estos derechos en caso de devolver a Portugal dicha suma, lo que, obviamente, era imposible en aquellas circunstancias de penuria económica en que se encontraba Carlos V a consecuencia de su compromisos bélicos.
De esta manera, aunque el tratado no impedía a España la navegación, exploración y conquista de nuevas tierras de Oceanía, ni implicaba la renuncia a sus derechos sobre las islas Filipinas ni a las demás islas oceánicas situadas al Este de meridiano de las Molucas, los portugueses se quedaban con el monopolio del comercio de Asia.