El lunes 11 de febrero de 1907 Shackleton estaba en Londres, en la sede de la Real Sociedad Geográfica, interesándose por el apoyo a su proyecto. Allí se encontró con Roald Amundsen y Fridtjof Nansen. Su plan era pasar el invierno siguiente en el Antártico, y sólo disponía de seis meses para preparar la expedición, ya que se había proyectado para el periodo 1907-1909. En marzo de 1907 Shackleton depuró los proyectos, algunos de los cuales tenían que ser modificados. Se esperaba salir de Nueva Zelanda a principios de 1908, tras pasar el invierno en el continente iniciarían en la primavera tres expediciones separadas. Una iría al Este, y si fuera posible, por la Gran Barrera hasta la nueva tierra conocida como de Eduardo VII, siguiendo la línea de costa hacia el Sur. La segunda procedería hacia el Polo Sur Geográfico por la misma ruta que siguiera la expedición de Scott en 1901 con el Discovery, guardando 15 o 20 millas de distancia de la costa para evitar cualquier rotura de la placa de hielo. La tercera expedición se encaminaría al Oeste por las montañas hacia el Polo Sur Magnético.

El barco que Shackleton deseaba para esta expedición era el Bjorn, pero su precio era excesivo. Finalmente adquirió el Nimrod, una nave vieja y pequeña cuya velocidad máxima era apenas seis nudos, necesitaba reparaciones de importancia, pero en cambio su calidad de construcción era buena y disponía de un casco fuerte. Shackleton tuvo especial cuidado en seleccionar a los hombres. Además de la calificación por el trabajo que debían desarrollar, un factor muy importante era la cualidad que debía reunir un expedicionario cuando se hallase en el medio polar, y su capacidad para relacionarse humanamente.

Con el apoyo del industrial Beardmore y de la Royal Geographical Society, El miércoles 7 de agosto de 1907 el Nimrod partía para Nueva Zelanda, donde llegó el 23 de noviembre. Como ya se ha mencionado los objetivos de esta nueva expedición eran alcanzar el Polo Sur geográfico y el Polo Sur magnético, para lo cual en el viaje le acompañaban tres geólogos, David, Mawson y Priestley. En los preparativos Shackleton había incluido ponies siberianos en vez de perros, en base a unos sencillos cálculos: un pony tira de 800Kg. y come 5 Kg. de alimento al día, mientras que un perro arrastra 50 Kg. y necesita 750 gramos de comida al día. Pero Shackleton  no tuvo en cuenta que los ponies se hunden en la nieve blanda y sobre todo sufren con las bajas temperaturas de la Antártida pues transpiran por todo el cuerpo y su piel se cubre de hielo. Los perros, por el contrario, solo transpiran por la lengua, por lo que resultan más resistentes.

El Nimrod, la alternativa al Bjorn en la primera expedición.

El 1 de enero de 1908 abandonó el puerto de Lyttelton rumbo al Antártico. El 6 de enero se perdió el primer pony, "Doctor" cayó y ya no pudo incorporarse, teniendo que ser sacrificado. Tras sortear diversos campos de icebergs, alcanzaron el mar de Ross el 16 de enero. El 17 de enero se encontraban en la posición 70º 43' Sur, 178º 58' Este. Bordeando la Gran Barrera Shackleton pretendía llegar a la tierra de Eduardo VII, pero las masas de hielo eran muy espesas y el mar estaba plagado de gigantes icebergs. Temiendo quedarse atrapado entre el hielo decidió volver al Oeste y dirigirse al estrecho de McMurdo, el mismo lugar en que había desembarcado la expedición de Scott algunos años antes, optando así por la seguridad de un lugar que ya conocía. En aquella época existía un código de honor, por el cual se respetaban las tierras descubiertas por otros exploradores, pero Shackleton rompió la promesa que le había hecho a Scott con anterioridad, en la cual se comprometía a no utilizar su misma ruta.

A finales de Enero de 1908, alcanzan la bahía de las Ballenas, pero imposibilitados para alcanzar tierra debido a la gruesa capa de hielo y a los peligrosos e imprevisibles icebergs, deciden poner rumbo a la bahía de McMurdo.

El viaje no había tenido incidentes de importancia hasta la mañana del 31 de enero; toda la tripulación se encontraba ocupada desempaquetando los artículos para el desembarco, cuando el gancho de un aparejo voló repentinamente por cubierta y golpeó a Mackintosh en el ojo derecho, que se derrumbó en la cubierta con gran dolor. Después de ser examinado por el Dr. Marshall quedó claro que el ojo no podría ser recuperado. Asistido por Michell y Mackay, le suministró cloroformo y le extrajo el ojo. Se establecerían en Cape Royds. El 12 de Febrero de 1908 fue completada la descarga del material, montaron la cabaña que había sido trasladada desde Inglaterra por piezas y los 15 hombres se sintieron más cómodos. Shackleton disponía de un pequeño espacio para él solo y el resto se repartían de dos en dos, en los 7 cubículos restantes.

Las temperaturas habían caído por debajo de -60ºC. Los mástiles del Nimrod estaban grises por el rocío helado y las bandas completamente blancas. El 22 de febrero por la tarde el Nimrod se ponía rumbo al Norte, llegando al puerto de Chalmers, Nueva Zelanda, el 6 de marzo. Los exploradores organizaron la vida en la base y mientras se aclimataban, realizaron diferentes experimentos científicos. Fue en esta expedición cuando seis hombres alcanzaron la cima del Monte Erebus, volcán en activo de 3794 m. de altura, situado muy cerca de la base. Llegada la primavera era el momento de poner en marcha las expediciones proyectadas. Shackleton, Adams, Marshall y Wild encabezarían la expedición hacia el Polo Sur Geográfico, unas 1700 millas de viaje. Por otro lado, Edgeworth David, con sus 50 años, llevaría con Mackay y Mawson la expedición al Polo Sur Magnético, alrededor de 1260 millas de distancia.

Sir Ernst Shackleton (1874-1922).

La expedición del Polo magnético no tenía experiencia en exploración polar, tendrían que tirar de los trineos y suministros sin ayuda de perros o ponys. Salieron a finales de noviembre de 1908 y en más de una ocasión cayeron en las grietas de los hielos, el frío agrietaba la piel, la mejilla derecha de Mawson y la nariz de David estaban casi congeladas, por las mañanas Mawson se despertaba con los labios pegados, la sangre que fluía de sus labios agrietados, se congelaba al salir al exterior. El 15 de Enero de 1909, la brújula de Mawson estaba a sólo 15' del Polo Sur Magnético, dejaron el material pesado y poco tiempo después alcanzaron el punto, David y MacKay plantaron la bandera de Inglaterra. Estaban terriblemente cansados, descubrieron sus cabezas, dieron tres hurras a su majestad el rey Eduardo VII, y posando ante la cámara David inmortalizó el momento activándola a distancia con un cordón. Volvieron 24 millas atrás al depósito de víveres que ellos habían dejado. Ahora su objetivo estaba cumplido, tenían que sobrevivir. El 5 de Febrero de 1909, los tres hombres regresaron al Nimrod, en poco más de dos meses habían viajado 1260 millas sin perros ni ponies en el lugar más frío de la tierra.

Por otro lado, la expedición más ambiciosa de alcanzar el Polo Sur geográfico, había partido el 29 de octubre de 1908, un mes antes que la del Polo Sur Magnético, con provisiones para tres meses y trineos arrastrados por ponys. Unas 1.700 millas de viaje esperaban a Shackleton y sus compañeros de equipo. Como David y sus hombres, la expedición de Shackleton también experimentó hambre extrema. El 21 de noviembre no pudieron soportarlo y tuvieron que sacrificar a uno de los ponys, "Chino". Después de saciarse, hicieron un depósito con los restos, de forma que pudieran aprovecharlos en el regreso. El 26 de Noviembre de 1908, sobrepasan el punto más al Sur alcanzado por la expedición del Discovery de Scott en 1902, y alcanzan una impresionante ruta de acceso a la meseta antártica, una larga y suave pendiente de hielo de 200 Km. de longitud y que alcanza una altura de 2.000 metros, a la que pusieron el nombre de Glaciar Beardmore (en honor al industrial que sufragó la expedición). Así, el 11 de Diciembre tenían por delante 205 millas, hasta el Polo Sur y los víveres escaseaban.

"Cada vez que alcanzamos la cima de una cresta decimos 'quizás esta es la última', pero nunca es la última", escribió Shackleton. El 27 de Diciembre alcanzan por fin la meseta antártica, con unas condiciones climáticas durísimas. El 30 de Diciembre una violenta ventisca, les obliga a detenerse. Estaban débiles, hambrientos y sus extremidades al borde de la congelación. El 4 de Enero Shackleton escribe: "El final está cerca. Sólo podemos continuar por tres días como máximo, nos estamos debilitando rápidamente". Lucharon en contra de la ventisca los 3 días siguientes, el día 7 se detienen a 100 millas del Polo Sur, el 8 no pueden salir de tienda. 
Por fin, el día 9 de Enero de 1909, dejaron el trineo, la tienda y la comida y cogieron solamente la bandera inglesa, un cilindro de cobre que contenía sellos y documentos para marcar el punto más lejano al Sur, la cámara, gafas y una brújula. El punto más lejano al Sur alcanzado por el hombre fue fijado a las 9 de la mañana: 88º 23' de latitud Sur y 162º de longitud, a sólo 97 millas de distancia del Polo.