Dentro de esta autonomía, Yahya declaró la Yihad cuando naves de Tortosa se apoderaron de unas galeras marroquíes que cargaban leña en el puerto de Ibiza. En 1226, su hijo mayor capitaneó las galeras mallorquinas que se apoderaron de una nave genovesa y otras dos de Barcelona y Tortosa. El walí, merced a estos éxitos, se sintió acrecentado en su poder. Orgulloso, se llega a expresar que se creía invencible, omnipotente.

Como sucede en política en tiempos de crisis, a un endurecimiento de la política exterior, siguió un recrudecimiento de la interior: Yahya ordenó la ejecución de cuatro prohombres de la comunidad, dos de ellos sobrinos de su tío materno, Abu Has Ibn Sauri, ya que este, con el respaldo de otros notables, comenzó a planear una conjura para librarse del gobierno de Yahya. Pero el valí respondió con más represión y encarceló a otros 50 notables, muchos de los cuales creerían llegada su última hora. Fue en esos días de revuelta cuando la escuadra de Jaume I llegó a la isla. El valí había llamado a su presencia a los 50 cautivos, cuando dos mensajeros, comunicaron que ya se avistaban decenas de velas cristianas. Yahya tuvo un rasgo de generosidad: indultó a los conjurados y les instó a que se aprestaran a la defensa común.

La Catedral de Palma, llamada La Seu, está construida sobre los restos de la antigua gran mezquita de Medina Mayurqa, ya que Jaime I decidió construir una gran catedral en honor a Santa Maria. Su construcción se inició en 1229.

Pasaron las primeras jornadas de la invasión, y el walí mantenía serias esperanzas de dominar la situación, pese a haber sido derrotado en tres enfrentamientos en campo y tener la ciudad sitiada y sin agua. Yahya fanfarroneaba y no calculaba el peligro real de una expedición con bula de Cruzada, cuyos magnates habían jurado vengarse por la muerte de sus parientes Ramón y Guillem Montcada en la batalla de Porto Pí. En unas primeras conversaciones de paz convocadas por él mismo, el orgulloso Yayha aún preguntaba a los cristianos que qué querían, como dándoles la oportunidad de explicarse.

En una segunda propuesta del walí se ofreció, por el intermedio del renegado Mahomet/Alagó, a pagar los gastos que habían tenido los expedicionarios si cesaban la lucha y reembarcaban si bien la oferta no surtió efecto. En la tercera, bajo tienda en terreno neutral, Yahya ni siquiera miró a la cara al representante real, Nunyo Sanç, pero le hizo saber que aquella tierra se la había dado Dios, y se asombraba de que su rey se atreviera a disputársela... Yahya, no hay duda, no estaba dotado para la diplomacia.

La entrevista reseñada acabó con una nueva oferta económica a los invasores para que cesaran la lucha, esta vez de cinco besantes "por la cabeza de cada hombre, mujer y niño" habitante de la Medina, con tal que el rey "nos diera estas naves que tiene, con las que pasar a Berbería, y los que se quieran quedar que se queden". Es decir, que los catalana-aragoneses se podían apropiar de la ciudad y obtener además una recompensa a condición de que respetaran las vidas de los sitiados y sus efectos más personales. Esta oferta, además, informa al historiador de cuál debía ser el ‘presupuesto municipal’ o economía del tesoro musulmán: alrededor de 50.000 personas vivían en esos momentos en la Medina, lo que supone un rescate de 250.000 besantes.

El trato convenía al rey, ya que le ponía la ciudad intacta en sus manos y resarcía su tesoro con dinero en metálico. Pero sus nobles, vengativos, lo rechazaron. Con cierto sentimiento, el rey hizo saber al walí "que hiciera lo que pudiera, que nosotros haríamos lo que pudiéramos". Con mayor sentimiento aún, Yahya reunió su consejo, hizo referencias al cruel destino que les esperaba a sus esposas e hijas en manos cristianas "que más quisiera haber perdido la cabeza". A lo que "todo el pueblo gritó con una sola voz, diciendo que más valía morir que sufrir tan gran desgracia". Y se volvieron a los muros con tal ímpetu "que hacía más (daño) un sarraceno que dos no hacían antes”.

Cada vez que uno de los túneles o cavas subterráneas que realizaban los cruzados estaba a punto de derribar un lienzo de muralla, los sitiados levantaban detrás de este otro muro de cal y piedras para tapar la brecha. Para ilustrar la dureza de la lucha, el propio rey Jaime I narra cómo los sarracenos invadieron el interior de una de las cavas subterráneas mediante una "contraataca" excavada desde la Medina, y desalojaron del túnel a los cristianos; el rey ordenó que acudiera la tropa armada con una ballesta de torno que "dio tal a dos escudados sarracenos que eran los primeros (que encontraron) en la cava que los mató de un golpe, partiendo los escudos".

Frente a la resistencia, los sitiadores llegaron a estar tan desmoralizados que abandonaban las guardias nocturnas, tal y como ya hemos comentado con anterioridad. La combatividad de los musulmanes fue tal que los nobles se preguntaron si no debían haber aceptado la última oferta económica. Pero Abu Yahya no pudo aprovechar esta ventaja, tanto por su indecisión y la división causada por su política como por la falta de auxilio exterior a la ciudad, lo que también era consecuencia de la división.

Sumado todo ello, el asalto final no pudo evitarse, la ciudad fue tomada, 24.000 personas fueron asesinadas, y Abu Yahya y su hijo menor de 13 años padecieron suplicio hasta la muerte. En tanto, Aben Sheyri mantenía una fuerza de 6.000 hombres en el interior de Mallorca, hasta que fue vencido y muerto el 14 de febrero de 1231.